Le Galaxy Express 999 est le nom d'un train "spatial" débutant son trajet sidéral de la ville terrienne Magalopolis. Mais ce train est plus qu'un moyen de transport sidéral, il représente la vie et le désir de l'humain de voyager aux confins de l'univers. D'un aspect "rustique" et antique, ce train reste une copie conforme d'une locomotive à vapeur accompagnée de ses wagons. Il ne faut toutefois pas se méprendre, car cette locomotive héberge la toute dernière technologie de transport spatial.

Voici le film qui termine cette série créée par Leiji Matsumoto. On se retrouve deux ans après les événements relatés dans Galaxy Express 999. La Terre est maintenant un champ de bataille et Tetsuro, le jeune garçon qui désirait devenir un " robot ", se bat maintenant avec la Résistance humaine.
Il décide toutefois de monter une autre fois à bord du Galaxy Express 999 mais pour quelle destination???

À bord de Galaxy Express, Testsuro retrouvera Maetel, cette mystérieuse femme qui nous révélera un secret : la résurrection de sa mère Queen Promethium. Cette dernière a rebâtit la planète des machines maintenant alimentées par de mystérieux cristaux d'énergie. Ces cristaux, acheminés grâce au " Train Fantôme " (Ghost Train), serait-il, à la base, l'énergie vivante de l'humain ? Oserait-on voler la flamme vitale, l'âme de l'être humain pour alimenter des machines?

Ce voyage au cours duquel on croisera le Capitaine Harlock (Albator), la pirate Emeraldas, Tochiro Oyame (maintenant l'âme du vaisseau Arcadia), nous permettra d'élucider cette énigme.

D'une réalisation impeccable de Taro Rin, ce dessin animé reste, encore un fois, très moralisateur. Il faut dire que plusieurs films tournant autour de l'univers d'Albator et de Star Blazers gardent cette touche dramatique. On y retrouve certaines longueurs comparativement au premier film de cette série. On aurait certainement pu couper un bon 15 ou 20 minutes de scènes à dialogues redondants sur l'humanité, la vengeance, etc.… Ce film d'animation constitue toutefois un bon exemple du film d'animation à "contenu " si on le compare à des Sailor Moon et Dragon Ball Z.